(2010-02-07 11:03)
注明：numpy , numpy-dev matplotlib python-lxml python-yaml其中numpy和matplotlib在安装vasputil（为了装ase）已经安装过了。所有本人先找到python-lxml-1.3.4-1.el5.rf.x86_64.rpm python-yaml-3.05-1.el5.rf.noarch.rpm安装，装好以后便安装phonopy,报错找不到numpy下的arrayobject.h，原来是找不到numpy的include,
export CPPFLAGS=-I/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/core/include 顺便指定一下lib
export LDFLAGS=-L/usr/lib64/python2.4/site-packages/numpy/lib
然后找到了，在编译phonopy: python setup.py install --home=.,有一些警告，可能是没有安装numpy-dev的缘故，在网络上搜numpy-dev包，居然没有。只有numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm。郁闷，我的numpy已经关联不能删除了，那还是用src包产生一个numpy-devel先。
编译src时说少了atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm，还好有的下。装了
atlas-devel-3.8.3-1.el5.x86_64.rpm后，再： rpm -i numpy-1.2.1-2.el5.src.rpm 然后到/usr/src/redhat/SPECS rpmbuild –bb numpy.spec以为可以得到numpy-devel，到
/usr/src/redhat/RPMS/x86_64却没有。哎！！！！！！！可是到官网仔细看看却是不需要numpy-devel，看来下来的介绍这点上有误，其余的都是正确的。
分类：Vasp 标签： -
Phonopy 计算声子谱 October 7, 2009 Tags: Phonopy, Python 1. Phonopy 简介
Phonopy 是一个由 python 实现的的晶体声子分析程序。它是目前提供了 VASP 的 Wien2k 的接口用来计算原子受力。它的主要功能有： 计算声子色散谱；
计算声子态密度，包括分立态密度；
声子热力学性质，包括自由能，热容量，焓；
Phonopy 通过力常数的方法计算声子谱。力常数由计算原子在超晶胞中被移动后的受力得到(Parlinsk-Li-Kawasoe 方法)。
同样类型的程序还有 phon, fropho, phonon. 其中 phonon 是商业软件，卖的很贵，fropho 和 phonopy 的代码其实都是来自于 phon, fropho 是为了代替 phon 而开发的，目的是为了使用 phon 更方便，phon 和 fropho 主要都是由 fortran 开发的，而现在 fropho 已经停止开发，由 python 开发的 phonopy 代替了 fropho, phonopy 在使用上更为方便，在计算量上更为减少。因为 phon, fropho 和 phonon 在移动原子位置时都是一次只移动一个原子的一个方向，而 phonopy 则可以一次移动一个原子的多个方向，所以和其它程序相比, phonopy 最多可以减少 2/3 的计算量。 2. Phonopy 的安装
phonopy 主要由 python 开发，其中的找晶体空间群功能是由 C 语言(spglib)实现。在安装 phonopy 时需要安装以下它所依赖的软件包： Python 的开发包 numpy , numpy-dev matplotlib python-lxml python-yaml
如果是使用的 Ubuntu/Debian 系统只需：
sudo aptitude install python-dev python-numpy \\ python-matplotlib python-tk python-lxml python-yaml
如果是 OpenSUSE 则可以去 http://software.opensuse.org/search 搜索下载安装相关软件包。 去 https://sourceforge.net/projects/phonopy/ 下载 phonopy 的最新软件包. 解压后进入 软件包的 c 目录， su
python setup.py install 编译安装所需要的 python 模块。 将 PATH/phonopy-0.6.1 $PATH 里：
比如： export PATH=~/opt/phonopy-0.6.1:$PATH 3. Phonopy 的简单使用
下面我以 BC5 为例说明如何和 VASP 做接口计算声子谱： a, 建立超胞 准备 POSCAR 文件 单胞和原胞都可以 准备 INPHON 文件 ATOM_NAME = B C NDIM = 2 2 1 LSUPER = .TRUE. 简单说明：
第一行为原子符号名 B C ，注意要和 POSCAR 中的顺序相同。 第二行为要建的超胞的维数。
第三行是指要建立移动原子的 POSCAR. 然后输入命令： phonopy.py
就会输出 DISP, POSCAR-* (001, 002, 003, …)
在本例出会输出 12 个 POSCAR-*, 依次为 POSCAR-001,…POSCAR-012 b, 计算力常数
将这些 POSCAR-* 做 SCF, 将输出文件 vasprun.xml 保存下来。 我的计算脚本为：
#!/bin/sh
for a in 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 do
cp POSCAR-0$a POSCAR
/opt/intel/impi/3.1/bin64/mpiexec -n 8 /share/apps/vasp/bin/vaspmpi_mkl10_O1 >>out.vasp 2>>err.vasp & wait
cp vasprun.xml vasprun.xml-0$a done
我的 INCAR 为： SYSTEM = BC5 PREC = Accurate ENCUT = 520 EDIFF = 1e-5 NSW = 0 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.05 LCHARG = FALSE LWAVE = FALSE
这样计算结束后会得到 vasprun.xml-001, …, vasprun.xml-012 然后，执行命令：
phonopy.py -f vasprun.xml-* 就会得到文件 FORCES c, 得到声子谱
有了文件 FORCES 后就可以计算声子谱了，这时将 INPHON 改为以下内容： ATOM_NAME = B C NDIM = 2 2 1 ND = 7 NPOINTS = 51
QI = 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 QF = 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.5 0.5 0.0 0.5 0.0 0.0 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.5
简单说明：
ND 是指有几条路径；
NPOINTS 是指在每两个高对称性点间插入多少个点，包括边界； QI 和 QF 给出路径的起始和结束点。 其中我用的 Q 点顺序为： 0.0 0.0 0.5 Z
0.0 0.5 0.5 T 0.0 0.5 0.0 Y 0.0 0.0 0.0 G 0.5 0.5 0.0 S 0.5 0.0 0.0 X 0.5 0.0 0.5 U 0.5 0.5 0.5 R 执行 命令 phonopy.py -p
即可画出声子谱， 如果执行 phonopy.py -p -s 即可将声子谱曲线保存为 PDF 文件。 其中 声子谱的数据是以 yaml 格式保存在 band.yaml 里的。
如果你想用 Origin, Qtiplot, Xmgrace 等工具画图的话，可以用我写的 python 脚本，readband.py (http://www.zhuli.name/file/readband.py) 将 band.yaml 转换一下，输出文件有两个 band.dat, qpoint.dat.
其中 band.dat 是声子谱数据， qpoint.dat 是高对称性点的数据。
以上只是 phonopy 的其本用法，如果要计算声子态度度和热力学性质的话可以参考 http://phonopy.sourceforge.net 上的文档，还是比较简单的。 我的计算结果:
0
Filed under:
First Princple, Physics, linux by admin
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容