是要扣税的，绩效工资既然是员工薪水的一部分，那么便是归属于员工的劳动收入，是其收益的构成，自然也是需要缴税的。公司在为员工开展个人所得税的代收代缴的情况下，也应当依照业绩考核扣税标准，将绩效工资计入到缴税额以内。绩效考核是企业管理的一部分，根据绩效考核可以对员工开展鼓励，而绩效考核的结果，便是员工绩效工资派发的前提和根据。绝大多数公司全是设定了绩效工资的，这一部分归属于浮动工资，并不是稳定的。职工的绩效考核成绩好，那么绩效工资就行，绩效考核的成绩不太好，那么绩效工资就低。针对许多业务人员来讲，其绩效工资的占比还是挺大的，因此直接决定员工工资的多少。
法律依据:《中华人民共和国个人所得税法》第三条 个人所得税的税率：（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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