公司制度规定旷工扣三倍工资不合法，在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效，而且中劳法有规定，扣除工资最高只是当日工资的百分之七十，或月终奖金的百分之三十。
一、旷工三天自动离职工资如何结算
旷工三天自动离职不扣除工资，全额支付工资。
旷工三天的，用人单位可单方面解除劳动合同，劳动者没有经济补偿。对用人单位造成损失的还需要承担赔偿责任。员工无违法违规行为，员工与公司协商一致办理离职手续的，公司应该全额支付工资。员工按照公司的规定自动办理离职手续，若是给用人单位造成损失的，用人单位可基于法律规定要求劳动者赔偿损失。用人单位在确认员工未按规定履行请假手续而擅自离岗，且无正当理由的，用人单位基于劳动者这一事实行为作出解除劳动合同的决定的，则需进行以下流程：
1、应通过各种渠道联系员工上班；
2、结清员工工资，并办理好社保手续；
3、保留好员工所有的档案及相关资料。
二、过年法定节假日是三倍工资的吗？
过年法定节假日是农历正月初一、初二、初三这三天三倍工资，用人单位在元旦、春节、国际劳动节、端午节、中秋节、国庆节等节日期间依法安排劳动者休假，如果安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
《全国年节及纪念日放假办法》第二条规定，全体公民放假的节日：
（一）新年，放假1天（1月1日）；
（二）春节，放假3天（农历正月初一、初二、初三）；
（三）清明节，放假1天（农历清明当日）；
（四）劳动节，放假1天（5月1日）；
（五）端午节，放假1天（农历端午当日）；
（六）中秋节，放假1天（农历中秋当日）；
（七）国庆节，放假3天。
三、公司是否可以随意克扣提成
公司不可以随意克扣提成。公司无故克扣工资的员工可向劳动监察大队举报，但劳动者违反公司规章制度，且公司已依法在规章制度中明确扣除工资标准并已率先进行公开公示告知员工可视作合理，所扣工资必须少于员工当月工资的20%。
【本文关联的相关法律依据】
《劳动合同法》第三十八条，劳动者单方解除劳动合同，
用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
（一）未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
（二）未及时足额支付劳动报酬的；
（三）未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
（四）用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
（五）因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
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