根据新个税法的规定，如果已扣除各项社保费用，40000工资所扣税费为6090元。
具体计算：
1.应纳税所得额 = 工资收入金额 － 各项社会保险费 － 起征点(5000元)
2.应纳税所得额 = 40000 - 0 - 5000 = 35000
3.应纳税额 = 应纳税所得额 x 税率 － 速算扣除数
4.应纳税额 = 35000 x 25% - 2660 = 6090
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第三条 个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
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