双方合同协议现只保存一份有效。因为合同有几份并不影响合同的效力。根据相关规定，满足合同主体适格、真实意思表示、不违背法律法规，公序良俗的合同有效。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
第四百九十条
当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
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