分居后不能申请自动离婚。我国法律并没有规定分居几年就可以申请自动解除夫妻的婚姻关系。离婚只有两种方式：协议离婚和诉讼离婚，不存在自动离婚方式。如果夫妻因感情不和分居满两年，也仅是法院判定夫妻感情破裂的法定情形之一，并不会必然导致自动离婚的法律后果。
法律依据:
《民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零八十条
完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。