功能性消化不良的检查方法如下：
1、粪便中脂肪测定脂肪定量分析是诊断脂肪泻的简单而可靠的试验。正常人24h内粪便排出的脂肪量6g，或脂肪吸收系数94%；用14C-三油酸甘油酯吸收试验，正常人每小时呼吸排出标记物大于给予量的3.5%。
2、维生素B12吸收的Schilling试验异常常提示回肠末端病变，胰腺外分泌功能不全的病人也常有维生素B12吸收障碍。Schilling试验也有助于诊断小肠细菌过度生长，特别是盲襻综合征、硬皮病和多发性小肠憩室。如盲襻综合征时Schilling试验的第1、2部分异常。适当的抗生素治疗后，Schilling试验可恢复正常。
3、影像学检查B超及内镜检查、其他影像学检查。
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