白色念珠菌和近平滑念珠菌是这一类灰指甲的主要病原菌，它们可以通过蛋白水解酶来破坏角朊细胞的完整性。和皮肤癣菌引起的灰指甲一样，酵母菌引起的灰指甲其临床特点随着病原菌侵犯的部位不同而存在差异。
全甲营养不良型甲真菌病
此种类型的灰指甲，甲板往往被真菌侵蚀而产生明显的角化痕迹，甲板弧度变形，甲板远端表现的像被虫咬坏一样。
慢性近端甲沟炎
指（趾）甲由于受真菌感染的牵连而继发甲沟炎，起初表现为甲护膜与甲板部分或者全部分离，随着病变的发展指（趾）甲周围会出现水肿性红斑，如果进一步发展则会牵连甲板的中央或甲板两侧的边缘，病甲会出现不规则的横沟和纵嵴，并且颜色也会产生异常。
甲剥离
念珠菌引起的灰指甲常见表现就是甲剥离，多发生在手指甲。这种类型的灰指甲，与皮肤癣菌引起的远端甲下甲真菌病表现相似。剥离后的甲板通常呈现浅灰色或者黄色。
念珠菌性甲床炎
念珠菌性甲床炎常继发于甲剥离和甲沟炎，病甲一般呈棕色。由于念珠菌感染造成甲板的破坏，使长出的指（趾）甲变得很薄且不透明容易碎裂。