法律分析：对于职务犯罪案件中涉案财物存在瑕疵问题，应根据相关法律规定进行处理，包括查找瑕疵问题的原因、处理方式等方面。同时，涉案财物的价值、类型等也是需要考虑的因素。
法律依据：
1.《刑法》第二百八十六条 规定：犯罪所得、犯罪工具及其产生的收益，应当追缴。追缴的财物，应当返还被害人或者其合法权利人；不能返还的，由国家财政收入。
2.《刑事诉讼法》第一百三十七条 规定：追缴财物时，应当先责令被告人将财物返还；被告人不能返还的，可以扣押其财产或者查封、冻结其存款。
3.《行政诉讼法》第五十一条 规定：对违法所得的财物，应当予以追缴或者收缴；不宜追缴或者收缴的，应当顶格处罚。
总结：在处理职务犯罪案件中涉案财物瑕疵问题时，应当依据相关法律规定进行处理，尽可能追回犯罪所得或者违法所得的财物，保障被害人的合法权益。