甲方指定分包是不合法的。建设单位不得直接指定分包工程承包人，禁止承包人将承包的工程进行转包或违法分包。对于建设单位推荐的分包单位，总承包单位有权拒绝或者采用。施工总承包管理模式下，业主可指定分包单位但必须经总包管理方认可，施工总包管理不认可建设单位执意发包，施工总承包可不予承担该分包单位管理责任，总包管理模式下分包方可与建设单位签合同，也可与经授权的总包管理单位签合同，施工总承包模式下分包单位由总包单位选择但必须经建设单位认可，建设单位不得干涉施工总承包单位选择分包商。
指定分包并不是一律违法，而政府禁止的违法指定分包仅有下列两种情形：
1.一是不经任何合法合理程序的直接指定分包；
2.二是违反施工合同约定的，通过各种形式要求承包单位选择其指定分包单位。因此，施工总承包合同中业主有权通过合法招标程序指定或推荐专业工程分包人的相关约定，当属合法合规。
一、何为指定分包？
1.指定分包，是指建设单位指定总承包范围内专业工程分包人的行为。
2.需要说明的是在指定分包中，存在两层法律关系，第一层是，工程建设方与总承包方之间的建筑工程施工总承包合同关系，发包人是建设方，承包人是总承包方，双方是承发包关系；第二层关系是，工程总承包方与专业工程分包方之间的分包合同关系，而此时的发包人是总承包方，承包人是专业工程分包人。
二、规章禁止的“指定分包”具体情形
1.不得直接指定分包人
2.不得违反施工合同约定，通过各种形式要求承包单位选择其指定分包单位
法律依据：
《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》
第五条
房屋建筑和市政基础设施工程施工分包分为专业工程分包和劳务作业分包。