首先，集体土地上企业拆迁和国有土地上企业拆迁所依据的法律不同。目前司法实践中，国有土地上企业拆迁有相应比较成熟的法律规定，而集体土地上企业的拆迁立法上是属于空白状态，即便各个地方出台了一些关于集体土地拆迁的相关规定，但也都或多或少的对企业拆迁的补偿缺乏相应的规定。只规定了关于集体土地上住宅房屋以及耕地的补偿标准和方法。其次，集体土地上企业拆迁和国有土地上企业拆迁的流程不同。因为土地性质不同，以及法律依据不同，决定了集体土地上企业拆迁的流程与国有土地上企业拆迁有很大区别。最后，集体土地上企业拆迁和国有土地上企业拆迁的补偿标准不同。对于停产停业损失、搬迁费用等企业因拆迁造成的损失，原则上集体土地与国有土地上的企业是没有根本本质区别的。但是对于土地使用权及房屋的补偿则因为土地的性质，房屋的性质等有很大的区别。