(一)经济补偿金和赔偿金支付的法律依据不同。
经济补偿金的支付依据为《劳动合同法》第四十六条规定。赔偿金的支付依据为《劳动合同法》第八十七条规定。也就是说，有《劳动合同法》第四十六条规定的情形之一的，用人单位可以与劳动者解除或终止劳动关系，但需要向劳动者支付经济补偿金。
(二)经济补偿金和赔偿金的适用步骤不同。
适用经济补偿金时，用人单位可以直接向劳动者支付经济补偿金。适用赔偿金时，可能会面临或继续履行劳动合同或支付赔偿金两种法律后果。很多用人单位宁愿支付赔偿金，也不希望恢复劳动关系。
但是，根据《劳动合同法》第四十八条规定，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行;只有劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位才应当依照《劳动合同法》第八十七条规定支付赔偿金。
在司法实践中，用人单位应对其解除、终止劳动合同的理由提供充分的证据，不能提供充分证据的，应认定为解除、终止合同不当，属于违法解除、应当支付赔偿金。
劳动者可以直接请求用人单位依法向其支付经济赔偿金。在用人单位拒绝支付或者对赔偿金数额有异议时，劳动者可以向劳动行政部门检举、投诉，提起劳动争议仲裁;对仲裁不服的再向法院提起诉讼。以维护自身合法权益。
(三)支付经济补偿金和赔偿金的合法性不同。
支付经济补偿金，是用人单位符合《劳动合同法》的相关规定，合法与劳动者解除劳动合同的，支付经济补偿金。其情形包括：劳动者因用人单位过错解除劳动合同;或者用人单位依法解除劳动合同;或者劳动合同依法终止。
支付经济赔偿金，是用人单位违反《劳动合同法》的规定，违法与劳动者解除劳动合同时，对用人单位违法解除劳动合同的违法行为的一种惩罚。
事实上，劳动关系存续期间，不管是补偿金赔偿金争议还是其他的劳动争议，申请仲裁的时效基本上都是一年。而且，仲裁时较的起始时间都是从劳动者知道本人的合法权益受到侵犯后开始计算的。